Ради обављања поверених послова, Центар функционише кроз две организационе јединице – Служба за координацију заштите жртава трговине људима и Прихватилиште за смештај жртава трговине људима.
Служба за координацију заштите жртава трговине људима је стуб установе. Она обавља послове препознавања, односно идентификације жртава трговине људима, обезбеђује хитну подршку у моменту откривања жртве, укључује потребне пружаоце услуге у подршку и координира подршком, при чему врши мониторинг рада пружаоца услуге и евалуацију успеха у обезбеђивању подршке. Служба доноси планове заштите, уз учешће корисника и партнера, којима се дефинишу циљеви опоравка и интеграције корисника и нихово етапно достизање у реланом временском периоду.
Прихватилиште за жртве трговине људима обавља послове смештаја и непосредно брине о потребама свих корисница на смештају. Намењено је смештају особа женског пола, старијим од 16 година, а капацитет смештаја је 6 места. У Прихватилишту је обезбеђен висок ниво физичке безбедности и стручна помоћ и подршка 24/7.