Центар за заштиту жртава трговине људима је као независна установа социјалне заштите основан 13.04.2012. године Одлуком Владе Републике Србије. Пре тога донета је Уредба о мрежи установа социјалне заштите (Службени гласник бр. 16/2012 од 07.03. 2012. године) којом је Центар за заштиту жртава трговине људима дефинисан као установа социјалне заштите.
Са непосредним радом Центар је започео 02. 07. исте године, након обезбеђивања основних, минималних услова за рад установе. Тада са радом почиње Служба за координацију заштите жртава трговине људима. У фебруару 2019. године почело је са радом Прихватилиште за смештај жртава трговине људима.
Важно је рећи да је Центар за заштиту жртава трговине људима настао након спроведене анализе о потребама заштите жртава трговине људима и потребној подршци тадашњој Служби за координацију заштите жртавa трговине људима, која је показала да је неопходно веће ангажовање државе у заштити жртава трговине људима. Служба за заштиту жртава трговине људима функционисала је у оквиру Завода за васпитање деце и омладине у Београду као његова организациона јединица, а основана је 2004. године. Искуства ове Службе интегрисана су у рад Центра, а Служба је престала са радом непосредно пре оснивања Центра.
Статутом Центра за заштиту жртава трговине људима и Правилником о унутрашњој организацији и систематизацији послова и задатака предвиђено је да Центар своју делатност обавља у оквиру две организационе јединице, Службе за кординацију заштите жртава трговине људима и Прихватилишта за жртве трговине људима, уз напомену да за сада функционишу обе организационе јединице, са контакт телефонима 063 610 590 и мејл адресом: centar@centarzztlj.rs
Е мејл Центра за заштиту жртава трговине људима је centar@centarzztlj.rs.
Од оснивања до данас, Центар континуирано ради на унапређивању услова рада, кадровоском, методолошком и организационом јачању и обезбеђивању што ефикасније подршке корисницима, као и доприносу државном систему борбе против трговине људима.